Miasto leży w środku południo-wschodniej części wyspy Streymoy. Port przylega aż do wód cieśniny Nólsoyarfjørður. Najbliższymi miastami są: Argir plus Hoyvik, należące aż do aglomeracji stolicy. Thorshavn zlokalizowany jest do wnętrza dużej mierze na nizinie, tylko jego zachodnie granice wspinają się na podniesienie Húsareyn, sięgające ok. 200 metrów ponad poziomem morza.